Das NABU-Naturschutzzentrum Rheinauen wird von Diplom-Geograph Robert Egeling als Geschäftsführer geleitet. Darüber hinaus gibt es Mitarbeiter im Rahmen des Freiwilligen Ökologischen Jahres, Praktikanten und Projektmitarbeiter. Die Umweltbildung wird derzeit von fünf Honorarkräften getragen. Die Leitung des Zentrums übernimmt ein Team von 15 ehrenamtlichen Mitarbeitern. Diese engagieren sich in verschiedenen Arbeitsfeldern.