Das NABU-Zentrum Rheinauen wird von Diplom-Geograph Robert Egeling als Geschäftsführer geleitet. Diplom-Biologe Michael Markowski ist als Naturschutzreferent aktiv. Die BiologInnen Daniela Schaefer-Krolla und Kai Zimmermann bilden das Auenservice-Team. Elke Petry kümmert sich um die Verwaltung. Karin Czichy ist Mitarbeiterin des Projekts "Naturerbe Inselrhein". Darüber hinaus gibt es MitarbeiterInnen im Rahmen des Freiwilligen Ökologischen Jahres, PraktikantInnen und weitere ProjektmitarbeiterInnen. Die Umweltbildung wird derzeit von zwei freiberuflichen Umweltpädagoginnen getragen.